تتميز هيدروجيولوجيا المنطقة بوجود مجالين متميزين للخزان الجوفي: المجال الرسوبي الذي يشمل معظم المياه الجوفية في المنطقة ، ومجال الطابق السفلي البلوري بواسطة طبقة المياه الجوفية ، والتي يمكن أن تحتوي على تدفقات محدودة ولكنها تساهم بشكل كبير في تزويد العديد من المناطق بالماء
الدرع البلوري :
يتكون هذا المجال من صخور ما قبل الكمبري أو العصر الأولي والتي تحتل المناطق الشرقية والجنوبية الشرقية والشمالية للحوض. وهي خالية من طبقات المياه الجوفية المعممة ويقتصر تداول المياه على مناطق التصدع ومجاري المياه.
تتواجد المياه على عمق منخفض وتكون ذات جودة جيدة إلى متوسطة كما أن الصبيب يكون ضعيفا في الغالب.
الحوض الرسوبي (العيون – الداخلة) :
يحتل هذا المجال الجزء الغربي من الحوض على امتداد المحيط الأطلسي. ويغطي مساحة تبلغ حوالي 110.000 كيلومتر مربع على اليابسة وتستمر تحت سطح البحر ، وهي غنية نسبيًا بخزانات المياه الجوفية واسعة الانتشار.
يأتي الجزء الأكبر من الموارد المائية الجوفية من الفرشات العميقة الأحفورية، مياه هذه الأخيرة لا تتجدد باستمرار بفعل التغذية الطبيعية الضعيفة.
تؤكد تحليلات النظائر أن معظم المياه الجوفية قد تشكلت منذ أكثر من 5000 عام ، وبالتالي فهي تعتبر خزانات أحفورية.
