يدير وكالة الحوض المائي مجلس إدارة ترأسه السلطة الحكومية المكلفة بالماء، يتألف:
1-بنسبة الثلثين على الأكثر من ممثلي:
2-بنسبة الثلث على الأقل من:
يمكن لرئيس هذا المجلس أن يستدعي كل شخص مؤهل ليشارك بصفة استشارية في أشغال مجلس الإدارة.
ويناط بمجلس إدارة الوكالة: